Каспијска флотила своје корене вуче од руског цара Петра Великог који ју је основао 15. новембра 1722. са циљем да пловила ове флотиле укључи у рат против Персије и да руска царевина добије територијално проширење око Каспијског језера.
После распада Совјетског Савеза Каспијска флотила је била подељена међу новонасталим државама Русије, Азербејџана, Туркменистана и Казахстана.
Повлачењем руских трупа из Азербејџана захтевало је од Русије успостављање нове војне инфраструктуре у Астрахану, где је створена нова база за Каспијску флотилу.
Слаба и немоћна са застарелим пловилима Каспијска флотила није имала снаге да се одупре ни кријумчарима.
Прекретница у развоју флотиле била је 1997. када је Русија одлучила да ојача Каспијску флотилу и да прошири њене техничке капацитете.
Данас је Каспијска флотила поморски елемeнт Јужног војног округа.
База флотиле се налази у Астрахану.
Главни циљ флотиле је обезбеђење руских националних интереса у региону Каспијског језера обезбеђивања безбедности пловидбе и заштите интереса у зони нафтних поља.
Флотила се састоји од неколико бригада и дивизиона површинских бродова и јединица обалске одбране.
Иначе Русија планира да штаб флоте премести из Астрахана у Каспијск у Дагестану одакле ће бити омогућено деловање како у зони Каспијског језера тако и у водама око самог језера.Каспијска флотила је иначе своју афирмацију доживела у рату у Сирији 2015., када су из зоне Каспијског језера, на циљеве Исламске државе и Ал Нусре фронта испалили салве крстарећих ракета типа „Клуб“, који су упоришта и командно комуникацијске центре сравнили са земљом. У последњих пар година ова флотила је добила и савремена искрцна средства,
Данас, у новим геополитичким условима, расте улога и вредност Каспијске флотиле. Примарни задаци данас постају спречавање тероризма, али и заштита јужне границе Русије.
Ударну снагу флотиле чине три новоизграђене ракетне фрегате класе „Бујан М“ намењене за борбу против свих врста пловила површинских и подводних као и циљева у ваздуху.
Флотили су придодата и два оклопна чамца типа шмељ. Главна ударна снага су брза десантно -искрцна пловила класе Серна пројекат 11770 дужине 25,6 м и ширине 5,8 м који достижу максималну брзину од 30 чворова. Максимални радијус износи 600Нм. Ова пловила могу да носе 92 војника са пуном борбеном опремом или 45 тона терета по мирном мору, однсоно 29 тона при јачини мора 3 по бофору.